柯志恩已經公開說明，中華民國就是主權獨立國家。她也說過，自己是台灣人，也是中華民國國民。不要用政黨標籤硬套個人，更不要把沒有說過的話塞到她嘴裡。

柯志恩還曾被中共當局列為「台獨頑固份子」，對此她表示她是「民主頑固份子」，親中謠言不攻自破。